高通量微波消解仪，通常宜用小功率分多步的程序升温升压的模式进行消解。理想的微波消解程序是尽量在最低温度下达到迅速分解样品基体中主要组分的目的。了解样品基体中的各组分，对于确定分解的最有效温度是必要的。了解消解特性和样品组分与不同试剂间的互相作用，可使分析工作者更容易控制样品的消解过程。对于不同的有机或无机样品，酸消解时化学反应在各温度点的剧烈程度和物理当量的变化是不同的。

有机样品糖类、蛋白质和脂类是动植物样品的三个基体成分。蛋白质在约℃下迅速分解，三硬脂精约℃才分解。在℃以后没有断裂的有机键是苯环中的π键及芳香氨基酸。一般以硝酸消解有机样品成分的临界温度如下：淀粉等碳水化合物，℃；蛋白质类，℃～℃；糖类，℃；类脂、脂肪类，>℃～℃；重油类、石油、沥青，>℃～℃。在动植物样品基体的微波消解过程中，像CO2和NO2等气体副产物会产生很高的压力。

无机样品的消解需要用腐蚀性混合酸在高温情况下反应，以达到样品的完全消解。由于无机物消解过程中产生的气态产物较少，所以消解产生的压力不会太高。在密闭式微波消解仪中消解此类样品，如岩石、矿物、陶瓷或某些合金等，酸分解产生的压力比消解有机物时产生的压力要低很多。大多数无机样品可以在℃左右消解完全，无需采用程序升温升压模式。